五芳齋高度重視食品安全、產品和服務的質量控制，實行垂直品控管理機制，對供應商準入和評審，原輔材料、包裝物的采購、驗收、入庫和存儲，生產操作規范，廠區和生產車間的環境衛生，半成品、產成品的全過程監視、檢測、存儲和運輸，員工健康和個人衛生等各個環節的操作進行規范，嚴格的質量控制貫穿采購、生產、銷售、包裝及儲運等每個環節。

此外，公司十分注重對自主知識產權進行保護，專門成立了標準化管理組，指定專人負責開展專利的申請和保護工作。

五芳齋在全國同行業率先通過了ISO9001、ISO22000國際質量體系認證，后又導入ISO14001環境管理體系和OHSAS18001職業健康安全管理體系。